故事发生在一个风雨交加的夜晚，一家名为“三更客栈”的古老建筑里，客栈的老板娘和她的女儿小丽经营着这家客栈，平时生意冷清，但她们却过着平静的生活，直到有一天，一位神秘的客人来到了客栈，打破了这份平静。
这位神秘的客人名叫小张，他来到客栈是为了寻找自己的亲生父母，小张从小就被遗弃在庙堂里，长大后得知自己的身世之谜，决定踏上寻找亲生父母的旅程，而三更客栈，就是他旅途中的最后一站。
小张的到来引起了老板娘和小丽的注意，她们发现小张身上有着不寻常的气息，随着时间的推移，小张和老板娘之间的关系也逐渐升温，但小丽却对小张产生了莫名的敌意，在一次深夜的谈话中，小张向老板娘透露了自己的身世之谜，而老板娘的反应却让他大感意外。
原来，老板娘和小张的亲生父母有着一段复杂的过去，多年前，老板娘曾是庙堂里的一名女弟子，而小张的亲生父亲则是庙堂里的高僧，两人相爱后，因为身份和地位的差异，他们的恋情遭到了世俗的反对，老板娘选择了离开庙堂，和爱人一起隐居在三更客栈。
这段恋情并没有得到幸福的结局，小张的亲生父亲在一次修行中圆寂，留下了老板娘和小张相依为命，而小丽则是老板娘收留的一个孤儿，她把小丽当作自己的女儿一样疼爱。
小张得知这段历史后，内心产生了巨大的波动，他开始怀疑自己的身世之谜是否只是表面上的真相，而老板娘和小丽之间的关系也让他产生了更多的疑惑，在一次夜晚的探险中，小张意外地发现了一本遗留下来的日记，里面记录了当年老板娘和小张亲生父亲之间的恋情。
日记中的内容让小张更加确信自己的身世之谜并非表面上的真相，他开始寻找更多的线索，试图揭开这个神秘事件背后的真相，在这个过程中，他也逐渐发现了老板娘和小丽之间的秘密。
原来，老板娘和小丽都有着超乎常人的能力，老板娘能够预知未来，而小丽则能够操控时间，这些能力让她们在面对困境时能够相互扶持、共同度过难关，这些能力也带来了巨大的风险和挑战。
在一次激烈的冲突中，小张终于揭开了这个神秘事件背后的真相，原来，多年前的一场大火毁掉了庙堂和许多无辜的生命，而老板娘和小张的亲生父亲为了保护彼此的爱情和生命，选择了隐居在三更客栈，他们的爱情并没有得到幸福的结局，小张的亲生父亲最终还是离开了人世。
真相大白后，小张决定离开三更客栈重新开始自己的生活，然而在离开之前他向老板娘表白了自己的感情并得到了回应他们决定重新开始彼此的生活共同面对未来的挑战。
《三更客栈》这部电影通过惊悚恐怖的故事情节展现了人性的复杂和爱情的伟大，它让我们看到了一个普通女子为了爱情所做出的牺牲和努力以及一个家庭在面对困境时的团结和勇气，同时电影也提醒我们要珍惜眼前的幸福不要等到失去后才后悔莫及。
